生态农庄的主要功能包括以下几个方面：
智生产观光功能
主要是进行各种经济作物的生产和开展各种农业观光的活动。例如展示果品、花卉、蔬菜、茶叶等的栽培技术和生产过程，同时开放让游客摘果、拔菜、赏花、采茶等。生产观光是农业旅游项目的最基本功能。
慧农事体验功能
依据农业生产而开发的一些简单轻松的农业劳作活动和民俗活动，为游客提供诸如水稻种植、果蔬采摘、养蜂酿蜜、田园织耕、药圃采药等体验功能，让游客体验具有趣味性的农事活动，满足人们的猎奇心。农事体验功能一般是附加在生产观光项目中所体现的功能。
奔娱乐休闲功能
农庄为游客提供运动健身、娱乐休憩、修身养性的场所及相关服务。例如突显乡间宁静淡泊生活的河畔下棋、潭边垂钓、竹溪品茗等活动;满足游客渔业旅游乐趣的泛舟、采莲、踏浪等活动。此外还可以提供各类健身器材、游乐设施等。所有旅游项目都具有此类功能。
田度假功能
主要指的是农庄为游客提供各种餐饮和住宿服务，让游客吃在农家、住在农家。这也是生态农庄的一项基本功能。
科普教育功能
农庄向游人传递农业和当地民俗知识。游客可以了解各种作物、劳作工具及使用方法，了解到无公害蔬菜的好处、怎样辨别水果或蔬菜是否用了催熟剂、怎样清洗才能减少维生素的流失、如何搭配才有营养等生活常识。由于项目设置不同，不同农庄中该功能所占比重各不相同。
此外，有的生态农庄还具有品尝、购物、疗养或综合等功能。根据农庄的自然资源和地理条件，综合考虑市场需求、人文环境等方面，对其进行主体功能定位，进而再进行功能分区定位，比如依据功能分为生产观光区、农事体验区、娱乐休闲区、科普教育区、健身疗养区等，以为其项目选择提供导向作用。
市场定位
生态农庄设计要进行准确细化的市场定位，以客源市场的现实和潜在需求为导向，去挖掘和开发旅游资源，规划和组合旅游产品，推向旅游市场进而引导市场、开拓市场。
在国内，生态农庄是以农业为载体，为旅游者提供休闲娱乐等功能，这就决定了它的客源市场是有别于乡村的大中城市，客源是对农村及农村景观不太了解的城市居民。要进一步对客源市场进行细分，如根据客源的成分可分为家庭型、情侣型、聚友型、老幼型等，农庄产品应满足高、中、低档游客的不同层次需求，还要加强对理智型、习惯型、冲动型、经济型、不定型和全面型游客的差异营销。
目标人群不同，设计的旅游项目也应该不同。定位是否准确直接决定了生态农庄未来经营的成败，所以在做生态农庄设计前，要充分的做好调研、考察工作，根据当地及周边的社会、自然、经济环境来进行准确定位。
